水专项全称为《国家科技重大项目水体污染控制与治理总体实施方案（2006-2020年）》，由国务院常务会议于2007年12月26日原则审议通过。水专项的设立目的，是为了重点解决制约经济社会发展的水污染重大瓶颈问题，其主要研究范围是以国家确定的水污染防治工作重点流域“三湖、三河、一库、一江”为主。水专项涵盖6大主题：湖泊、河流、城市、饮用水、监控预警和战略政策，共设置33个项目。北京大学主持其中的湖泊主题6个项目之一《滇池流域水污染治理与富营养化综合控制技术及示范》（简称“滇池水专项”）。滇池水专项的总经费为15.0亿元，实施阶段为2008-2020年。其中近期经费为3.0亿元（国家拨款1.2亿元，地方配套1.8亿元）。

以北京大学环境科学与工程学院为主体的北大水专项团队在滇池项目的筹备工作中付出了大量的心血与汗水。2007年以来，在国家和昆明市水专项管理办公室的统一领导下，由水专项总体专家组及主题专家组进行统筹、协调和指导，北京大学环境科学与工程学院与中国科学院水生生物研究所、云南省环境科学研究院、云南大学和昆明市环境科学研究院等单位，精心筹措，组织编制滇池水专项实施方案，积极推动该项目的启动和实施。在此期间，项目编制组多次广泛征求国家、地方相关部门及有关院士、专家意见，十易其稿，并最终获得论证通过。

滇池水专项得到了相关领导、院士和专家们的悉心指导，是集体智慧和心血的结晶。2008年3月9日，北京大学林建华常务副校长、北京大学科学研究部周辉部长、北京大学环境科学与工程学院唐孝炎院士、张远航院长、郭怀成教授一行在昆明市会见了云南省委常委、昆明市委书记仇和、副市长王道兴等，共同讨论了滇池水污染治理与富营养化综合控制战略，就滇池水专项实施方案的编制提出了具体意见。2008年4月，在环境科学与工程学院唐孝炎院士、张远航院长的关心、指导下，北京大学组织项目编制组对滇池实施方案进行了进一步的整合与凝练，着重加强了项目设计的系统性，使实施方案的质量明显提高，专项的目标更加突出、内容更加充实，更具有可操作性、可分解性和可集成性。2008年5月，水专项总体专家组及主题专家组听取了滇池水专项编制组的汇报，建议进一步调整课题设置，梳理研究方向。北京大学环境科学与工程学院组织编制组对实施方案作了进一步的修改完善。通过修改，确定了6个课题，重点针对滇池流域重污染排水区、入湖河流、农业区域面源污染与生态退化湖区的综合特征，通过研发重污染排水区入湖负荷全过程控制、入湖河流污染控制、面源控制与湖滨带生态修复等关键技术与成套技术，并研究制定全流域治理污染的中长期战略规划。2008年8月，专家组再次听取了滇池水专项实施方案的汇报，认为该项目的研究目标体现了水专项及湖泊主题实施方案对该项目的设计要求，符合国家和地方水污染防治工作的科技需求，技术集成示范与滇池流域和污染综合治理工程规划紧密衔接，关键技术在高原重富营养化湖泊水污染综合防治中具有较好的推广价值。

项目编制组根据相关专家的意见，最终形成了《滇池流域水污染治理与富营养化综合控制技术及示范实施方案（建议稿）》。2008年8月报送国家水专项管理办公室，并于8月27日的项目论证会获得通过，会议明确于2008年启动滇池项目课题一和课题五，2009年启动课题三，确定北京大学为水专项滇池项目和该项目课题一“流域社会经济结构调整及水污染综合防治中长期规划研究”的主持单位，环境科学与工程学院郭怀成教授为项目负责人及课题一负责人。